Proteoomika tuumiklabor
Tartu Ülikooli (TÜ) proteoomika tuumiklabor (PTL) on mass-spektromeetrial (MS) põhinevaid proteoomikaanalüüse pakkuv kompetentsikeskus. MS proteoomika eesmärk on iseloomustada rakkude, kudede, kehavedelike ja bioloogiliste ravimite valkude/peptiidide komplekti.
Labor tegutseb teenuslabori põhimõttel, koondades kokku vajamineva kuluka aparatuuri ja spetsiifilise kvalifikatsiooniga tööjõu. Pakume oma teenuseid TÜ uurimisrühmadele ja teistele teadusasutustele (ülikoolid, riiklikud laborid, tehnoloogiate arenduskeskused jt), samuti biotehnoloogia ettevõtetele.
TÜ PTL pakub järgmisi proteoomika-alaseid teenuseid:
- Valkude lihttuvastamine ja sekveneerimine (sh de novo ehk teadaolevata järjestuseta sekveneerimine).
- Valkude märgisevaba (’label-free’) ja märgisega (nt SILAC, iTRAQ, TMT jmt) relatiivne ja absoluutne kvantiteerimine.
- Valkude post-translatoorsete modifikatsioonide tuvastamine ja kaardistamine, sh modifikatsioonimäärade hindamine:
- fosforüülimine, sh vastava modifikatsiooniga valkude rikastamine,
- metüleerimine ja atsetüleerimine, sh vastava modifikatsiooniga valkude rikastamine,
- N- ja O-glükosüleerimise, ubikvitinüleerimise saidid,
- sulfaatimine, nitreerimine, deamideerumine, hüdroksüleerimine jm lihtmodifikatsioonid,
- glükaanide karakteriseerimine,
- Intaksete valkude masside määramine ja top-down tuvastamine (< 200 kDa).
- Endogeenselt (disulfiidsillad) ja keemiliselt ristseotud peptiidide tuvastamine.
- Valkude/peptiidide suunatud (’parallel reaction monitoring’) kvantiteerimine.
- Valguliste biomarkerite avastamise ja valideerimise faasi uuringud.
Lisaks teenusanalüüsidele tegeleb labor uute proteoomika tehnoloogiate testimise ja juurutamisega, samuti kohaliku ja rahvusvahelise teaduskoostööga. PTLi teadurite töö on leidnud kajastamist mitmetes teaduspublikatsioonides. 2019. aastast osaleb TÜ PTL ka üle-Euroopa Liidulises proteoomika tipprühmade infrastruktuuriprojektis EPIC-XS (https://epic-xs.eu/), mille eesmärgiks on võimaldada laiema teadlaskonna juurdepääsu proteoomika tehnoloogiatele ning arendada edasi seniseid tehnoloogilisi lahendusi.
Enne proteoomika katse planeerimist soovitame ühendust võtta labori juhatajaga (sergo.kasvandik [ät] ut.ee; telefon +372 737 4842), et saaksite efektiivseks analüüsiks vajaminevat katseplaani koostada.
Analüüside tellimise eelselt palume tutvuda hinnakirjaga. Proovide üleandmise ja transpordi kohta on võimalik lugeda siit.